Как известно, на сегодняшний день функционируют две системы управления рисками: в сфере таможни и в сфере налогов. Обе системы в настоящее время работают, но находятся на разных этапах становления. Несмотря на свои специфические характеристики, обе системы ориентированы на выявление потенциальных угроз государству, и в тоже время, содействия для создания благоприятных условий легальному бизнесу.

Также хочется отметить, что применение этих систем закреплено нормативно-правовыми актами Республики Казахстан «О таможенном регулировании в Республике Казахстан» и «О налогах и других обязательных платежах в бюджет».  

Система управления рисками в таможенной сфере применяется для определения товаров, транспортных средств, документов и лиц, подлежащих таможенному контролю.

Кроме этого, система также обеспечивает меры по защите национальной и государственной безопасности, жизни и здоровья человека, охране окружающей среды. В тоже время, она ориентирована на выявление и предотвращение нарушений таможенного законодательства Таможенного союза и законодательства Республики Казахстан. И как уже было сказано, системой управления таможенными рисками  предусмотрено создание декларантам и лицам, осуществляющим деятельность в этой сфере и соблюдающим таможенное законодательство Республики Казахстан, благоприятных условий и ускоренное проведение таможенных операций при перемещении товаров через таможенную границу Таможенного союза.

В нынешнем виде эта система работает с 2010 года. В ней уже сформирована определенная структура профилей рисков и наработан опыт их применения. Сегодня перед таможенными органами стоит одна из важных задач, которая заключается в полной автоматизации этого сегмента с учетом оперативности принимаемых решений.

В тоже время, рассматривается вопрос повышения эффективности таможенной СУР, в которой должны учитываться не только факторы повышающие риск, но и факторы, понижающие его, например историческую благонадежность участника ВЭД, его налоговую и таможенную историю и другие его уникальные характеристики. 

Система управления же налоговыми рисками в новом формате начнет работать с 2019 года.

В свою очередь, внимание данной системы направлено на сферу повышенного риска и обеспечение более эффективного использования имеющихся в распоряжении ресурсов.

Параллельно с этим, система оказывает помощь в увеличение возможности по выявлению нарушений в сфере налогообложения, отборе налогоплательщиков (налоговых агентов) для проведения налоговых проверок, подтверждении суммы превышения НДС и права на упрощенный порядок возврата суммы превышения НДС, подлежащего возврату, а также определении степени риска нарушения, выявленного по результатам камерального контроля.

На первом этапе налоговыми органами осуществляется анализ данных налоговой отчетности, представленной налогоплательщиком (налоговым агентом), сведений, полученных от уполномоченных государственных органов и других документов и (или) сведений о деятельности налогоплательщика (налогового агента). На основании данных анализов назначаются выборочные налоговые проверки, которые осуществляются в отношении налогоплательщиков с высокими степенями риска. Если же налогоплательщик попадает в категорию со средним/низким уровнем риска или риск по нему отсутствует, то  в отношении него будут применяться иные меры снижения риска, например уведомление или извещение, с дальнейшим накоплением данных для анализа.

В дальнейшем информация из налогового блока будет активно использоваться для анализа рисков и поведения участников ВЭД в таможенной сфере и наоборот.

 В перспективе объединение таможенного и налогового контроля позволит совмещать налоговые и таможенные проверки на основе обобщенных результатах работы налоговой и таможенной систем управления рисками.