Салықтық тексерудің мақсаты салық төлеушінің ҚР заңнамасын, соның ішінде салық салу, зейнетақымен қамсыздандыру және әлеуметтік сақтандыру, сондай-ақ ҚР өзге де заңнамасын сақтауын бақылауды жүзеге асыру болып табылады.

Салықтық тексерулер тек салық органдарымен жүзеге асырылады.

Салықтық тексерістер қатысушылары салық қызметі органдарының ұйғарымда көрсетілген лауазымды тұлғалары, Салық кодексіне сәйкес тексеруді жүргізуге қатыстырылатын өзге адамдар және салық төлеуші болып табылады.

Салықтық тексерулердің нысандары

Салықтық тексерулер кешенді, тақырыптық, қарсы тексеру, хронометраждық зерттеу нысанында жүзеге асырылады.

Салықтық тексеру жүргізу салық төлеушінің қызметін тоқтатпауы тиіс.

Салықтық тексерулер бойынша талап қою мерзімі 5 жылдан аспауы тиіс.

Салықтық тексеру түрлері

Салықтық тексерулер мынадай түрлерге бөлінеді:

1) тәуекел дәрежесін бағалау негізінде ерекше тәртіп бойынша жүргізілетін салықтық тексеру;

2. жоспардан тыс салықтық тексеру;

Салықтық тексеру жүргізу мерзімдері

Салық тексерулерін жүргізу мерзімі ұйғарым берілген күннен бастап 30 жұмыс күнінен аспауы тиіс.

Салық тексерісін жүргізу мерзімі ұзартылуы мүмкін:  

Салық тексерісін тағайындаған салық органымен ҚР біреуден артық емес орын болғанда тұрақты мекемелер арқылы жүзеге асырылатын жеке кәсіпкерлер және резидент еместер, құрылымдық бөлімшелері жоқ заңды тұлғалар үшін – 45 жұмыс күніне дейін; Салық қызметінің жоғары сатылы органымен  - 60 жұмыс күніне дейін;

ҚР бір орыннан артық болғанда тұрақты мекемелер арқылы қызметін жүзеге асыратын құрылымдық бөлімшелері бар заңды тұлғалар және резидент еместер, сондай-ақ мониторингке жататын ірі салық төлеушілер үшін, - 75 жұмыс күніне дейін; салық қызметінің жоғары сатылы органымен – 180 жұмыс күніне дейін.

Салық органдары салықтық тексеру жүргізу мерзімінің өтуі күні арасындағы уақыт кезеңінде тоқтата тұруы мүмкін:

салық төлеушіге мәліметтерді және (немесе) құжаттарды беру туралы салық органының талабын табыс ету және салық төлеушінің сұратылған мәліметтерді және (немесе) құжаттарды табыс ету күні;

салық органының сұратуын басқа аумақтық салық органдарына, мемлекеттік органдарға, банктер мен банк операцияларының жекелеген түрлерін жүзеге асыратын ұйымдарға және Қазақстан Республикасының аумағында қызметін жүзеге асыратын өзге де ұйымдарға жолдау және көрсетілген сұрау салу бойынша мәліметтерді және (немесе) құжаттарды алу күні.

Бұл ретте салық органы салық төлеушіге қол қойғызып табыс етуге немесе оған хабарламасы бар тапсырыс хатпен не салықтық тексеруді тоқтата тұру немесе қайта бастау туралы хабарлама электрондық тәсілмен тоқтата тұру немесе қайта бастау күнінен бастап 3 жұмыс күнінен кешіктірмей пошта арқылы жіберуге міндетті.

Электрондық тәсіл электрондық салық төлеуші ретінде тіркелген салық төлеушіге қолданылады.

Салықтық тексеру туралы хабарлама

Салық органдары тәуекел дәрежесін бағалау негізінде ерекше тәртіп бойынша жүргізілетін салықтық тексеру басталғанға дейін кемінде 30 күнтізбелік күн бұрын салық төлеушіге салықтық тексеру жүргізу туралы хабарлама жібереді немесе тапсырады.

Хабарлама тіркеу деректерінде көрсетілген орналасқан жері бойынша салық төлеушіге жіберіледі немесе тапсырылады. Почта арқылы хабарламасы бар тапсырыс хатпен жіберілген хабарлама почта немесе өзге байланыс ұйымының жауабын алған күннен бастап тапсырылды деп есептеледі.

Хабарламада салықтық тексеру нысаны, тексеруге жататын мәселелер тізбесі, қажетті құжаттардың алдын ала тізбесі, салық төлеушінің құқықтары мен міндеттері, сондай-ақ салықтық тексеру жүргізу үшін қажетті басқа да деректер көрсетіледі.

Салық органы салық төлеуші (салық агенті) тексеру жүргізу үшін қажетті салық салуға байланысты құжаттарды жасыра алады немесе жоя алады не тексеруді мүмкін емес немесе оны толық көлемде жүргізуге мүмкіндік бермейтін басқа да мән-жайлар болған жағдайларда тексерудің басталуы туралы салық төлеушіге (салық агентіне) хабарламай, тәуекел дәрежесін бағалау негізінде Ерекше тәртіп бойынша жүргізілетін салықтық тексеруді бастауға құқылы.

Осылайша, салық органдары тексеру жүргізу үшін қажетті құжаттарды салық төлеушінің жасырып қалу немесе жою қаупінің болуымен дәлелдей отырып, салықтық тексеру жүргізу туралы хабарламаны компанияның мекенжайына  жібермеуіне де  болады.

Салықтық тексеру жүргізу үшін негіздеме

Салықтық тексеру мынадай мәліметтерді қамтуға тиіс нұсқаманың негізінде жүргізіледі:

1. салық органындағы ұйғарымды тіркеу күні және нөмірі;
2. ұйғарымды шығарған салық органының атауы;
3. салық төлеушінің тегі, аты, әкесінің аты (ол болғанда) немесе салық төлеушінің толық атауы (салық агенті);
4. сәйкестендіру нөмірі;
5. тексеру нысаны мен түрі; 
6. тексеретін адамдардың, сондай-ақ қатыстырылатын мамандардың тегі, аты, әкесінің аты (егер ол жеке басын куәландыратын құжатта көрсетілген болса);
7. салықтық тексеруді жүргізу мерзімі;
8. хронометраждық зерттеп-тексеруді қоспағанда тексерілетін кезең.

Ұйғарымға салық органының бірінші басшысы немесе оны алмастыратын тұлға қол қоюға тиіс.

 Салық төлеушіге ұйғарым берген күн салықтық тексеру жүргізудің басталу күні болып есептеледі.

Салық төлеушіге салықтық тексеру актісі тапсырылған күн салықтық тексеру мерзімінің аяқталуы болып есептеледі. Салықтық тексеру актісін алған кезде салық төлеуші салықтық тексеру актісінің данасына  және оны алған күніне қол қоюға міндетті.