Согласно статье 376 Налогового кодекса выполнение работ, оказание услуг, определенных договором транспортной экспедиции, перевозчиком и (или) другими поставщиками для стороны, являющейся клиентом по договору транспортной экспедиции, не являются оборотом по реализации экспедитора.
         Выполненные работы, оказанные услуги, определенные договором транспортной экспедиции, местом реализации которых является Республика Казахстан, при приобретении их экспедитором у нерезидента для стороны, являющейся клиентом по договору транспортной экспедиции, являются оборотом экспедитора по приобретению работ, услуг от нерезидента.
         Согласно пункту 10 статьи 381 Налогового кодекса при выполнении работ, оказании услуг, определенных договором транспортной экспедиции, перевозчиком и (или) другими поставщиками для стороны, являющейся клиентом по договору транспортной экспедиции, размер оборота по реализации экспедитора определяется в размере одной из следующих сумм:
      его вознаграждения без включения в него налога на добавленную стоимость, предусмотренного договором транспортной экспедиции;
      стоимости работ, услуг, являющихся оборотом экспедитора по приобретению работ, услуг от нерезидента
 

В соответствии с п.1,4  статьи 387 Налогового кодекса  оборот по реализации услуг по международным перевозкам облагается по нулевой ставке.
Международной перевозкой признается:
1) транспортировка товаров, в том числе почтовых отправлений, экспортируемых с территории Республики Казахстан и импортируемых на территорию Республики Казахстан;
2) транспортировка по территории Республики Казахстан транзитных грузов;
3) перевозка пассажиров, багажа и грузобагажа в международном сообщении;
4) услуга по проследованию пассажирских поездов (вагонов) в международном сообщении.
Для целей настоящей главы перевозка считается международной, если оформление перевозки осуществляется едиными международными перевозочными документами.
Для целей настоящей статьи подтверждающими международные перевозки документами являются:
1) при перевозке грузов:
в международном автомобильном сообщении – товарно-транспортная накладная;
в международном железнодорожном сообщении, в том числе в прямом международном железнодорожно-паромном сообщении, – накладная единого образца;
воздушным транспортом – грузовая накладная (авианакладная);
морским транспортом – коносамент или морская накладная;
транзитом двумя или более видами транспорта (смешанная перевозка) – единая товарно-транспортная накладная (единый коносамент);
Согласно статьи  395 Налогового кодекса освобождаются от налога на добавленную стоимость обороты по реализации следующих работ, услуг, связанных с перевозками, являющимися международными в соответствии со статьями 387 и 448 Налогового кодекса, местом реализации которых является Республика Казахстан, в том числе экспедирование товаров, в том числе почты, экспортируемых с территории Республики Казахстан, импортируемых на территорию Республики Казахстан, а также транзитных грузов.
На основании  статьи 448 Налогового кодекса налогообложение международных перевозок в Евразийском экономическом союзе производится в соответствии со статьей 387 Налогового кодекса.
Подтверждающими документами являются:
1) в случае экспорта – копия заявления о ввозе товаров и уплате косвенных налогов, полученного экспортером от импортера товаров;
2) в случае импорта – копия заявления о ввозе товаров и уплате косвенных налогов, полученного от налогоплательщика, импортировавшего товары на территорию Республики Казахстан;
3) акты выполненных работ, акты приема-сдачи грузов от продавца либо от других лиц, осуществлявших ранее доставку указанных грузов  покупателю либо другим лицам, осуществляющим дальнейшую доставку указанных грузов;
4) счета-фактуры.
В случае осуществления международной перевозки и оформления в порядке  вышеизложенных норм Налогового кодекса, то в вашем случае, счет-фактура оформляется в соответствии с нормами главы 47 Налогового кодекса, без разделения размера облагаемого оборота  по нулевой ставке.
 

Согласно подпункту 4) пункта 3 статьи 412 Налогового кодекса, в редакции, действующей в 2018 году, изложенной в статье 37 Закона «О введении в действие Кодекса РК «О налогах и других обязательных платежах в бюджет» с учетом изменений, предусмотренных Законом РК от 24.05.18 г. № 156-VI, счет-фактуру в электронной форме обязаны выписывать, за исключением случая, предусмотренного пунктом 4 настоящей статьи, плательщики налога на добавленную стоимость по услугам международной перевозки грузов.

Графа «Дата составления» формы Р-1 «Акт выполненных работ (оказанных услуг)» заполняется в соответствии с пунктом 4 статьи 7 Закона Республики Казахстан от 28.02.2007 года «О бухгалтерском учете и финансовой отчетности» (далее - Закон), где первичные документы должны быть составлены в момент совершения операции или события либо непосредственно после их окончания. В форме Р-1 «Акт выполненных работ (оказанных услуг)», утвержденной Приказом Министра финансов Республики Казахстан от 20 декабря 2012 года № 562 «Об утверждении форм первичных учетных документов» (далее - Приказ) в графе «Отчетный период» указывается дата начала и дата окончания фактического выполнения работ (оказанных услуг). Таким образом, акт выполненных работ должен быть оформлен и передан заказчику сразу после завершения работ. На практике обычно условиями договора определяется, в какие сроки заказчик должен принять выполненные работы или оказанные услуги и подписать акт выполненных работ. Для сведения, в случае если налогоплательщик – плательщик НДС, счет-фактура должен быть оформлен согласно пп.4 п.1 статьи 413 Налогового кодекса РК– не ранее даты совершения оборота по реализации и не позднее пятнадцати календарных дней после такой даты. В соответствии с пунктом 3 статьи 379 Налогового кодекса РК датой совершения оборота по реализации работ, услуг является день выполнения работ, оказания услуг. При этом днем выполнения работ, оказания услуг признается дата подписания, указанная в акте выполненных работ, оказанных услуг; документе (кроме счета-фактуры), подтверждающем факт выполнения работ, оказания услуг, оформленном в соответствии с законодательством Республики Казахстан о бухгалтерском учете и финансовой отчетности, в случае отсутствия акта выполненных работ, оказанных услуг.

Согласно пункту 1 статьи 412 Кодекса Республики Казахстан от 25 декабря 2017 года № 120-VI ЗРК «О налогах и других обязательных платежах в бюджет (Налоговый кодекс)» в редакции изложенной в статье 37 Закона о введении Налогового кодекса № 131-VI от 25.12.2017г., при совершении оборота по реализации товаров, работ, услуг обязаны выписывать счет-фактуру: 1) плательщики налога на добавленную стоимость, предусмотренные подпунктом 1) пункта 1 статьи 367 Налогового кодекса; 2) налогоплательщики в случаях, предусмотренных нормативными правовыми актами Республики Казахстан, принятыми в целях реализации международных договоров, ратифицированных Республикой Казахстан; 3) комиссионер, не являющийся плательщиком налога на добавленную стоимость, в случаях, установленных статьей 416 Налогового кодекса; 4) экспедитор, не являющийся плательщиком налога на добавленную стоимость, в случаях, установленных статьей 415 Налогового кодекса. Налогоплательщики указывают в счете-фактуре или ином предусмотренном Налоговым кодексом документе: 1) по оборотам, облагаемым налогом на добавленную стоимость, – сумму налога на добавленную стоимость; 2) по необлагаемым оборотам, в том числе освобожденным от налога на добавленную стоимость, – отметку «Без НДС». Пунктом 13 данной статьи предусмотрен перечень случаев, по которым выписка счета-фактуры не требуется. На основании статьи 370 Налогового кодекса необлагаемым оборотом является: 1) оборот по реализации товаров, работ, услуг, освобожденный от налога на добавленную стоимость в соответствии с настоящим Кодексом; 2) оборот по реализации товаров, работ, услуг, местом реализации которых не является Республика Казахстан. В главе 45 Налогового кодекса отражены обороты по реализации товаров, работ и услуг, освобожденных от НДС. В соответствии с п.1 главы 10 Правил составления налоговой отчетности «Декларация по налогу на добавленную стоимость (форма 300.00)» Приложение 23 к приказу Министра финансов Республики Казахстан от «12» февраля 2018 года № 166 форма 300.08 предназначена для отражения в соответствии с подпунктом 2) пункта 2 статьи 424 Налогового кодекса сведений о полученных на бумажном носителе счетах-фактурах (документов на выпуск товаров из государственного материального резерва) по товарам, работам, услугам, приобретенным на территории Республики Казахстан. В случае если плательщик НДС получает в течение налогового периода счета-фактуры в электронной форме и на бумажном носителе, то в Реестре счетов-фактур по приобретенным в течение налогового периода товарам, работам, услугам (далее – Реестр по приобретённым товарам, работам, услугам) отражаются счета-фактуры, выписанные на бумажном носителе. В случае если плательщик НДС получает в течение налогового периода счета-фактуры исключительно в электронной форме, то Реестр по приобретенным товарам, работам, услугам в налоговые органы не представляется. Таким образом, вышеуказанные нормы налогового законодательства относятся к плательщикам НДС. Не отражение счетов-фактур, в приложении ф.300.08 декларации по НДС, полученных от поставщиков товаров, работ и услуг неплательщиков НДС, за исключением указанных в подпунктах 3),4) пункта 1 статьи 412 Налогового кодекса (комиссионеров и экспедиторов), не является нарушением.

Согласно подпункту 6 пункта 14 Правил составления налоговой отчетности «Декларация по налогу на добавленную стоимость» (форма 300.00), утвержденного приказом Министра Республики Казахстан от 12.02.2018г. № 166, разработанные в соответствии с Кодексом Республики Казахстан от 25.12.2017г. «О налогах и других обязательных платежах в бюджет» (Налоговый кодекс) в разделе «Общая информация о плательщике НДС» налогоплательщик обязательно отражает следующие данные: отдельные категории налогоплательщика. Ячейки отмечаются в случае, если налогоплательщик относится к одной из категорий, указанных в строках А, В, С; А – доверительный управляющий в соответствии со статьей 40 Налогового кодекса; В – учредитель доверительного управления в соответствии со статьей 40 Налогового кодекса; С - налогоплательщик, применяющий положения статьи 411 Налогового кодекса: ячейка «по деятельности, предусмотренной пунктом 1 статьи 411 Налогового кодекса»; ячейка «по иной деятельности». Обязательной отметке подлежит одна из ячеек, в зависимости от того по какой деятельности представляется декларация. На основании вышеизложенного, в случае наличия деятельности, по которой применяется дополнительный зачет согласно статье 411 Налогового кодекса и иной деятельности, представляются отдельные декларации по НДС форма (300.00) по указанным видам деятельности с отметкой соответствующей ячейки в строке С в Разделе «Общая информация о плательщике НДС».

В соответствии со статьей 37 Закона "О введении в действие Кодекса Республики Казахстан «О налогах и других обязательных платежах в бюджет» (Налоговый кодекс) от 25 декабря 2017 года № 121-VI подпунктом 4) пункта 3 статьи 412 Налогового кодекса, счет-фактуру в электронной форме обязаны выписывать, за исключением случая, предусмотренного пунктом 4 настоящей статьи налогоплательщики, осуществляющие международные перевозки грузов.

Согласно пункту 1 статьи 193 Кодекса «О налогах и других обязательных платежах в бюджет» (далее – Налоговый кодекс), доходы юридического лица-нерезидента, осуществляющего деятельность без образования постоянного учреждения, определенные статьей 192 Налогового кодекса, облагаются подоходным налогом у источника выплаты без осуществления вычетов, по ставкам, указанным в статье 194 Налогового кодекса. В соответствии с подпунктом 16) пункта 1 статьи 192 Налогового кодекса доходами нерезидента из источников в Республике Казахстан признаются доходы от оказания услуг по международной перевозке. В целях раздела 7 Налогового кодекса международными перевозками признаются любые перевозки пассажиров, багажа, товаров, в том числе почты, морским, речным или воздушным судном, автотранспортным средством или железнодорожным транспортом, осуществляемые между пунктами, находящимися в разных государствах, одним из которых является Республика Казахстан. Международными перевозками в целях настоящего раздела не признаются: • перевозка, осуществляемая исключительно между пунктами, находящимися за пределами Республики Казахстан, а также исключительно между пунктами находящимися на территории Республики Казахстан; • транспортировка полезных ископаемых по трубопроводам. Таким образом, доходы от оказания транспортных услуг в международных перевозках являются доходами из источников в Республике Казахстан и подлежат налогообложению у источника выплаты по ставке 5%. В соответствии с подпунктом 2) пункта 1 статьи 192 Налогового кодекса доходы от выполнения работ, оказания услуг на территории Республики Казахстан являются доходами нерезидентов из источников в Республике Казахстан. Таким образом, доходы от оказания экспедиторских услуг в Республике Казахстан являются доходами из источников в Республике Казахстан и подлежат налогообложению у источника выплаты по ставке 20%. Согласно статье 196 Налогового кодекса в налоговый орган по месту своего нахождения налоговым агентом представляется расчет по корпоративному подоходному налогу (форма 101.04), удерживаемому у источника выплаты с дохода нерезидента. Перечисление суммы налога осуществляется в соответствии со статьей 195 Налогового кодекса. Налоговый агент, согласно пункту 1 статьи 212 Налогового кодекса, имеет право самостоятельно применить освобождение от налогообложения при выплате дохода нерезиденту или при отнесении начисленного, но не выплаченного дохода нерезидента на вычеты, если такой нерезидент является резидентом страны, с которой заключен международный договор. Применение международного договора в части освобождения от налогообложения разрешается только при условии представления нерезидентом налоговому агенту документа, подтверждающего резидентство, соответствующего требованиям пункта 4 статьи 219 Налогового кодекса. НДС за нерезидента уплачивается в соответствии с положениями статьи 241 Налогового кодекса. Работы и услуги, предоставленные нерезидентом, являются оборотом налогоплательщика Республики Казахстан, получающего работы, услуги, если местом их реализации является Республика Казахстан. Место реализации работ, услуг определяется в соответствии со статьей 236 Налогового кодекса.