Белгілі  болғандай  қазіргі таңда тәуекелдерді басқарудың екі жүйесі жүзеге асырылуда: кеден саласында және салық саласында. Бірақ қазіргі уақытта екі жүйеде дамудың түрлі кезеңдерімен жұмыс  істеуде. Өзінің ерекше сипаттамаларына қарамастан, екі жүйе мемлекетке ықтимал қауіп-қатерлерді анықтауға бағытталған, сонымен бірге заңды бизнес үшін қолайлы жағдайлар жасауға көмектеседі.                                                     

Сондай-ақ осы жүйелерді қолдану «Қазақстан Республикасындағы кедендік реттеу туралы» және «Салық және бюджетке төленетін басқа да міндетті төлемдер туралы» Қазақстан Республикасының нормативтік құқықтық актілерімен белгіленетінін атап өткім келеді. Кеден саласындағы тәуекелдерді басқару жүйесі кедендік бақылауға жататын тауарларды, көлік құралдарын, құжаттар мен тұлғаларды айқындау үшін қолданылады. Бұдан басқа, жүйе ұлттық және мемлекеттік қауіпсіздікті, адам өмірі мен денсаулығын қорғау, қоршаған ортаны қорғау жөніндегі шараларды қамтамасыз етеді.

Сонымен қатар, ол Кеден одағының кеден заңнамасын және Қазақстан Республикасының заңнамасын бұзушылықтарды анықтауға және болдырмауға бағытталған. Сонымен қатар, Кедендік тәуекелдерді басқару жүйесі декларанттар мен осы саладағы қызметті жүзеге асыратын және Қазақстан Республикасының кеден заңнамасын сақтайтын тұлғаларға Кеден одағының кедендік шекарасы арқылы тауарларды өткізу кезінде қолайлы жағдайлар жасау және кедендік операцияларды жедел жүргізу көзделген.                                     

Бұл жүйе қазіргі түрде 2010 жылдан бастап жұмыс істейді. Онда тәуекелдер бейіндерінің белгілі бір құрылымы қалыптасты және оларды қолдану тәжірибесі пысықталды. Бүгін кеден органдарының алдында қабылданатын шешімдердің жеделдігін ескере отырып, осы сегментті толық автоматтандырудан тұратын маңызды міндеттердің бірі тұр.

Сонымен қатар, Кедендік ТБЖ тиімділігін арттыру мәселесі қаралады, онда тек тәуекелді арттыратын факторлар ғана емес, сонымен қатар оны төмендететін факторлар, мысалы СЭҚ-қа қатысушының Тарихи сенімсіздігі, оның салықтық және кедендік тарихы және оның басқа да бірегей сипаттамалары ескерілуі тиіс.

Салық Тәуекелдерін басқару жүйесі жаңа форматта 2019 жылдан бастап жұмыс істей бастайды. Өз кезегінде, бұл жүйенің назары жоғары тәуекел саласына және қолда бар ресурстарды неғұрлым тиімді пайдалануды қамтамасыз етуге бағытталған.

Сонымен қатар, жүйе салық салу саласындағы бұзушылықтарды анықтау, салық тексерулерін жүргізу үшін салық төлеушілерді (салық агенттерін) іріктеу, ҚҚС асып кеткен сомасын және қайтаруға жататын ҚҚС асып кеткен сомасын қайтарудың оңайлатылған тәртібіне құқықты растау, сондай-ақ камералдық бақылау нәтижелері бойынша анықталған бұзушылық тәуекелінің дәрежесін айқындау бойынша мүмкіндіктерді арттыруға көмек көрсетеді.      

Бірінші кезеңде салық органдары салық төлеуші (салық агенті) ұсынған салық есептілігінің деректерін, уәкілетті мемлекеттік органдардан алынған мәліметтерді және басқа да құжаттарды және (немесе) салық төлеушінің (салық агентінің) қызметі туралы мәліметтерді талдауды жүзеге асырады. Осы талдаулар негізінде тәуекел дәрежесі жоғары салық төлеушілерге қатысты жүзеге асырылатын ішінара салықтық тексерулер тағайындалады. Егер салық төлеуші тәуекелдің орташа / төмен деңгейі бар санатқа түссе немесе ол бойынша тәуекел болмаса, онда оған қатысты тәуекелді төмендетудің өзге де шаралары қолданылатын болады, мысалы, талдау үшін деректерді одан әрі жинақтау арқылы  хабарлама немесе жазбаша хабарлама.

Бұдан әрі салық блогынан ақпарат СЭҚ-қа қатысушылардың кеден саласындағы және керісінше мінез-құлқындағы тәуекелдер мен елдіктерді талдау үшін белсенді пайдаланылатын болады.  Келешекте кедендік және салықтық бақылауды біріктіру салықтық және кедендік тәуекелдерді басқару жүйесі жұмысының қорытылған нәтижелері негізінде салықтық және кедендік тексерулерді біріктіруге мүмкіндік береді.