Салық төлеушiнің (салық агентінің) тексеру нәтижелері туралы хабарламаға шағымы салық төлеушiге (салық агентіне) хабарлама тапсырылған күннен кейінгі күннен бастап отыз жұмыс күнi iшiнде салық қызметінің жоғары тұрған органына берiледi, салық төлеуші (салық агенті) шағымның көшірмесін салықтық тексеру жүргізген және салықтық тексерудің  алдын ала актісіне салық төлеушінің (салық агентінің) қарсылығын қараған салық органына жолдайды.

Салық органына шағым беру күні оны беру тәсіліне қарай:

1) өзі келу тәртібімен – салық органдары шағымды алған күн;

2) почтамен – почтаның немесе өзге де байланыс ұйымының қабылдау туралы белгісі қойылған күн болып табылады.

Мерзімді дәлелді себеппен өткізіп алған жағдайда шағым беруші салық төлеушінің (салық агентінің) өтініші бойынша шағымды қараушы жоғары тұрған салық органы бұл мерзімді қалпына келтіруі мүмкін. 

Уәкілетті орган шағым берудің өткізіп алған мерзімін қалпына келтіру мақсатында оған қатысты салықтық тексеру жүргізілген жеке тұлғаның, сондай-ақ салық төлеушінің (салық агентінің) басшысының және (немесе) бас бухгалтерінің (ол болған жағдайда) уақытша еңбекке жарамсыздығын дәлелді себеп деп таниды. Шағым берудің өткізіп алған мерзімін қалпына келтіру туралы өтінішке оған қатысты салықтық тексеру жүргізілетін жеке тұлғаларға, сондай-ақ ұйымдық құрылымы жоғарыда көрсетілген тұлғалар болмаған кезде олардың орнын ауыстыратын тұлғалардың болуын көздемейтін салық төлеушілерге (салық агенттеріне) қолданылады. Шағым берудің өткізіп алған мерзімін қалпына келтіру туралы өтінішке осы тармақтың бірінші бөлігінде көрсетілген адамдардың уақытша еңбекке жарамсыздық кезеңін растайтын құжатты және осындай салық төлеушінің (салық агентінің) ұйымдық құрылымын белгілейтін құжатты қоса беруге тиіс.

Шағым берудің өткізіп алған мерзімін жоғары тұрған салық органының қалпына келтіруі туралы салық төлеушінің (салық агентінің) өтініші салық төлеуші (салық агенті) шағым мен өтінішті осы баптың 3-тармағында көрсетілген адамдардың уақытша еңбекке жарамсыздық кезеңі аяқталған күннен бастап он жұмыс күнінен кешіктірмей берген жағдайда ғана қанағаттандырылады.

          Жоғары тұрған салық органына шағым берген салық төлеушi (салық агенті) осы шағым бойынша шешiм қабылданғанға дейiн оны өзiнiң жазбаша өтiнiшi негiзiнде керi қайтарып ала алады. Салық төлеушiнiң (салық агентінің) шағымды керi қайтарып алуы осы баптың 1-тармағында белгiленген мерзiм сақталған жағдайда оны қайтадан шағым беру құқығынан айырмайды.

          Салық төлеушiнiң (салық агентінің) шағымы жазбаша нысанда берiледi. Шағымда салық төлеушiнің (салық агентінің) шағымға қол қойған күнi, шағым берiлетін уәкілетті органының атауы, шағым беретін тұлғаның тегi, аты, әкесiнің аты (ол болған жағдайда) не толық атауы, оның тұрғылықты жерi (орналасқан жерi), сәйкестендіру нөмiрi, салықтық тексеру жүргiзген салық органының атауы, шағым берушi тұлға өз талаптарын негiздейтiн мән-жайлар және осы мән-жайларды растайтын дәлелдер, қоса тiркелген құжаттардың тiзбесi көрсетiлуге тиiс.

Шағымға салық төлеушi (салық агенті) не оның өкілі болып табылатын адам қол қояды. Шағымға салық төлеушi (салық агенті) өз талаптарын негiздейтiн мән-жайларды растайтын құжаттар, iске қатысы бар өзге де құжаттар қоса тiркеледi.

Уәкілетті орган салық төлеуші (салық агенті) шағымын шағым жасау мерзімін өткізіп алып берген; салық төлеушінің (салық агентінің) шағымының нысаны мен мазмұны белгіленген талаптарға сәйкес келмеген; салық төлеуші (салық агенті) үшін шағымды оның өкілі болып табылмайтын адам берген; салық төлеуші (салық агенті) шағымда жазылған мәселелер бойынша сотқа талап-арыз берген жағдайларда салық төлеушінің (салық агентінің) шағымын қараудан бас тартады. Уәкілетті органы шағым келіп түскен күннен бастап он жұмыс күні ішінде салық төлеушіні (салық агентін) шағымды қараудан бас тарту туралы жазбаша түрде хабарландырады. Уәкілетті органының шағымды қараудан бас тартуы, егер салық төлеуші (салық агенті) жол берілген бұзушылықтарды жойса, қайтадан шағым беру құқығынан айырмайды.  

Салық төлеушiнiң (салық агентінің) шағымы бойынша шағым тiркелген күннен бастап отыз жұмыс күнiнен аспайтын мерзiмде, ал мониторингке жататын ірі салық төлеушілердің шағымдары бойынша, шағымды қарау мерзімдерін ұзарту және тоқтата тұру жағдайларын қоспағанда, шағым тiркелген күннен бастап қырық бес жұмыс күнiнен аспайтын мерзiмде уәжделген шешiм шығарылады.

Уәкілетті органы салық төлеушінің (салық агентінің) шағымын қарау кезінде белгіленген тәртіппен қайта тақырыптық тексеру тағайындауға құқылы.

Салық төлеуші (салық агенті) шағымды қарауға салықтық тексеру барысында көрсетілмеген құжаттарды ұсынған жағдайда жоғары тұрған салық органы мұндай құжаттардың дұрыстығын тақырыптық тексеру барысында анықтауға құқылы.

Жоғары тұрған салық органының тақырыптық тексеру тағайындау туралы құжаты тексерілуге жататын мәселелер көрсетіле отырып, жазбаша нысанда ресімделеді. Бұл ретте тақырыптық тексеруді жүргізу, шағым жасалған салықтық тексеруді жоғары тұрған орган жүргізген жағдайды қоспағанда, нәтижелеріне шағым жасалған салықтық тексеруді жүргізген салық органына тапсырылмауға тиіс. Тақырыптық тексеру осы Кодексте белгіленген тәртіппен және мерзімде жүргізіледі. Бұл ретте тақырыптық тексеру салық органы жоғары тұрған салық органының осындай тексеру жүргізу туралы құжатын алған күннен бастап бес жұмыс күнінен кешіктірілмей басталуға тиіс . Деректер жеткілікті айқын болмаған немесе толық болмаған, сондай-ақ бұрын тексерілген мән-жайлар мен құжаттарды тақырыптық тексерудің барысында жаңа мәселелер туындаған кезде жоғары тұрған салық органы қайта тексеруді тағайындауға құқылы.

Шағымды қарау нәтижелері бойынша шешім тақырыптық тексерудің және (немесе) қайта тақырыптық тексерудің нәтижелері ескеріле отырып шығарылады. Бұл ретте жоғары тұрған салық органы осындай тексерулердің нәтижелерімен келіспеген жағдайда, ол шағым бойынша шешім қабылдау кезінде оларды ескермеуге құқылы, алайда мұндай келіспеушілік дәлелді болуға тиіс.

Уәкілетті орган салық төлеушінің (салық агентінің) шағымын қарау кезінде   салық төлеушіге (салық агентіне) және (немесе) салықтық тексеру жүргізген салық органына шағымда жазылған мәселелер бойынша жазбаша нысанда қосымша ақпарат не түсініктеме беру туралы сұрау салу жіберуге; осындай органдар мен заңды тұлғалардың құзыретіне жататын мәселелер бойынша мемлекеттік органдарға және мемлекет жүз пайыз қатысатын заңды тұлғаларға, сондай-ақ шетел мемлекеттерінің құзыретті органдарына сұрау салу жіберуге; шағымда жазылған мәселелер бойынша салық төлеушімен (салық агентімен) кездесу өткізуге; салықтық тексеру жүргізуге қатысқан салық органдарының қызметкерлерінен туындаған мәселелер бойынша қосымша ақпарат және (немесе) түсініктеме сұратуға құқылы, сондай-ақ уәкілетті органының шағымды қарау бойынша өз өкілеттіктерін жүзеге асыруы кезінде оның қызметіне араласуға және шағымды қарауға қатысатын лауазымды адамдарға қандай да бір ықпал етуге тыйым салынады.

Уәкілетті орган тексеру нәтижелері туралы хабарламаға шағымды қарау үшін Апелляциялық комиссияны құрады. Апелляциялық комиссияның құрамын және ережесін  уәкілетті орган белгілейді.

Уәкілетті орган шағымды мәнi бойынша қарау аяқталған соң тексеру нәтижелері туралы хабарламаға шағымды қарау қорытындысы бойынша шағым жасалған тексеру нәтижелері туралы хабарлама өзгеріссіз, ал шағым қанағаттандырусыз қалдырылсын немесе шағым жасалған тексеру нәтижелері туралы хабарламаның толық немесе бір бөлігінің күші жойылсын шешімдердің бірін шығарады. Шағым бойынша шешім жазбаша түрде салық төлеушiге (салық агентіне) хабарламасы бар тапсырыс хатпен пошта арқылы жiбередi немесе қолын қойғызып тапсырады, ал көшiрмесiн салықтық тексеру жүргізген салық органына жібередi.

Шағымды қарау нәтижелері бойынша шағым жасалған хабарламаның бір бөлігінің күші жойылған жағдайда салықтық тексеру жүргізген салық органы тексеру нәтижелері туралы хабарламаға салық төлеушінің (салық агентінің) шағымын қарау қорытындылары туралы хабарлама шығарады және оны салық төлеушіге (салық агентіне) жібереді.

Шағымды қарау мерзімі мынадай жағдайларда: уәкілетті органның тексеруді аяқтау  актісін алған күнінен он бес жұмыс күні ішінде тақырыптық және қайта тақырыптық тексеру жүргізгенде;  мемлекеттік органдарға және шетел мемлекеттерінің құзыретті органдарына сұрау салулар жіберген кезде жауап алған кезге дейін тоқтатыла тұрады.  Уәкілетті орган тоқтатыла тұру себептерін көрсете отырып, шағымды қарау мерзімінің тоқтатыла тұратыны туралы салық төлеушіні (салық агентін) жазбаша түрде тексеру тағайындау және (немесе) сұрау салуды жолдау күнінен үш жұмыс күн ішінде хабардар етеді. 

Шағымды қарау мерзімі салық төлеуші (салық агенті) шағымға қосымшалар ұсынған жағдайда он бес жұмыс күніне ұзартылады, бұл ретте шағымға бұдан әрі қосымшаларды берген әр жағдайда мерзім ұзартылады; уәкілетті орган шағымдалатын мәселені қосымша қарау қажеттілігі жағдайда тоқсан күнге ұзартылады.

Уәкілетті орган шағымды қарау мерзімін ұзарту күнінен 3 жұмыс күн ішінде салық төлеушіге (салық агентіне) хабарлама жолданады.

Уәкілеттi органның шешiмiнде шағымды қарау нәтижелері бойынша: шешiмнiң қабылданған күні; шағым берген салық төлеушiнiң (салық агентінің) тегі, аты, әкесiнiң аты (ол болған жағдайда) не толық атауы; сәйкестендіру нөмірі; уәкілетті органының шағым жасалып отырған шешiмiнің қысқаша мазмұны; шағымның мәнi Қазақстан Республикасы заңнамасының нормаларына сiлтеме жасалған негiздеме мен қорытындылар көрсетiлуге тиiс.

Уәкілетті органына немесе сотқа салық төлеушінің (салық агентінің) шағым (өтініш) беруі тексеру нәтижелері туралы хабарламаның шағым жасалған бөлігінде орындалуын тоқтата тұрады. Уәкілетті органға шағым берген кезде тексеру нәтижелері туралы хабарламаның шағым жасалған бөлігінде орындалуы шешім шыққанға дейін тоқтатыла тұрады.

Салық төлеуші (салық агенті) сотқа шағым арыз берген жағдайда тексеру нәтижелері туралы хабарламаның шағым арыз берілген бөлігінде орындалуы соттың арызды іс жүргізуге қабылдаған күнінен бастап сот актісі заңды күшіне енгізілгенге дейін тоқтатыла тұрады.